农村土地承包经营权证丢失可以持相关证件资料到有关部门补办。办理流程及所需证件资料如下：
1、本人申请书
2、本村介绍信
3、本人提供的在县市级以上电视台或地市级以上报刊的公告、声明的相关手续，同时应在本村公示七天以上
4、原“换发农村土地承包经营权证申请表”的复印件
5、乡（镇）经管中心重新填写并编码、盖章的“换发农村土地承包经营权证申请表”
6、土地确权：土地所有权、土地使用权和他项权利的确认、确定，简称确权。是依照法律、政策的规定确定某一范围内的土地（或称一宗地）的所有权、使用权的隶属关系和他项权利的内容。
7、确权机关：确权机关是指依法有权确定土地所有权和使用权归属的行政机关。依照我国《土地管理法》第十六条的规定，确权的权利主体为乡级或县级以上人民政府，也就是说只有乡级或县级以上人民政府才具有确认所有权和使用权的权力：主管是指确定土地所有权和使用权的具体承办部门。土地管理部门做为人民政府的职能部门，具体承办确权工作，对确权的意见和建议，要报同级人民政府作出决定。